Foi fundada em 1735 por Manuel Rodrigues Tomar e Antônio de Sousa Bastos, que saíram do Arraial da Meia Ponte (atual Pirenópolis), para desbravar em buscas de riquezas no norte goiano. Primeiro chegaram ao atual Trairás (também conhecido como Tupiraçaba), onde encontraram ouro de aluvial. Ali fundaram uma vila que perdurou por anos em grande desenvolvimento chegou a ser uma das vilas mais desenvolvidas de Goiás, e foi por um dia a capital do império brasileiro e até hoje possui construções históricas que precisam ser rapidamente restauradas.
Em 1755, funda-se o povoado de São José do Tocantins, distrito de Trairás, que cresce as margens do Rio Bacalhau (nome dado pela grande presença desse peixe), onde logo fundaram a igreja de São José, a popular Matriz.
Em 1903/1904, o geólogo brasileiro Freimund Heinrich Brockes à procura de minérios de valor comercial na região, encontrou amostras na Serra da Jacuba que depois de analisadas em laboratórios, mostrou ser de minério de níquel.
Em homenagem ao minério que lhe deu riqueza e fama, São José do Tocantins passa a se chamar Niquelândia.

Fonte: IBGE