Em 1849, uma lei do império criou o presídio Leopoldina próximo à aldeia Karajá. Localizado próximo a um porto, o presídio foi destruído pelos Karajá e reconstruído três anos depois, formando-se ali um povoado.
Com a criação da Comarca do Araguaia em 1875, o povoado logo evoluiu para distrito. O isolamento do então distrito de Santa Leopoldina levou os moradores a improvisarem meios de sobrevivência.
Em 1958, foi concedida a emancipação política do distrito, passando a chamar-se Aruanã, nome de um peixe abundante na região. Aruanã é também o nome de uma dança sagrada dos Karajá.

Fonte: IBGE